我的英雄學院劇場版：英雄新世紀

在某個大雪紛飛的夜晚，企圖破壞社會的敵人～死柄木吊等人正打算祕密運送【某樣東西】。

事先掌握他們動向的英雄們便趕到現場，跟他們展開了一場激戰。過程中，那個【某樣東西】就被同夥一併帶走，只留下了「實驗已經成功了」這麼一句話。

與此同時，由於歐爾麥特引退，”新世代英雄養成計劃”應運而生，出久跟雄英高中英雄科1年A班的其他同學便是計劃的目標對象，一行人因此前往在日本南方的遙遠離島～那步島。這是一座許久沒有發生大事件的和平小島，A班學生便以駐島英雄的身分幫助島上的人們，儘管忙碌但日子倒也過得悠閒自在，出久等人也在駐島期間結識了真幌跟活真這對姊弟。由於非常崇拜英雄，活真很快地就跟出久等人消除了隔閡，但不知道爲什麼，真幌卻執意要活真離出久等人遠一點。

此時，謎樣的敵人們突然襲擊了那步島，並相繼破壞島上的設施。指揮這一切的人，就是「NINE」。雖然出久、爆豪跟1年A班的同伴們攜手合作，挺身對抗敵人，但NINE壓倒性的力量與個性卻遠遠超乎他們的想像。

爲什麼NINE等人要襲擊那步島呢？出久跟1年A班這些”新手英雄”是否有辦法保護活真跟真幌以及島民們，讓他們不受敵人侵害呢！？